Além da formação que recebem na casa, os seminaristas estudam no Institutum Sapientiae, uma instituição de estudo superior de filosofia e teologia da Ordem dos Cônegos Regulares da Santa Cruz. Segundo seus estatutos, aprovados pela Santa Sé (Con­gregação para a Edu­cação Católica), destina-se especifica­mente à formação dos candidatos ao sacerdócio.
Convidados por Dom Manoel Pestana Filho (+2011), então Bispo de Anápolis, em 1983, os Padres da Ordem começaram a lecionar no Seminário Maior da Diocese de Anápolis. Em seguida, foi restaurado o antigo Colégio de Coimbra e transferido para esta diocese com o nome de Institutum Sapientiae. O Instituto foi aprovado pela Congregação para a Educação Católica, com decreto de 12 de novembro de 1988 “ad experimentum”. Em 16 de novembro de 2007, os Estatutos foram aprovados de modo definitivo.
O Institutum Sapientiae oferece, atualmente, cursos de Filosofia, de dois anos, e de Teologia, de quatro anos, para candidatos ao sacerdócio. As disciplinas são ministradas de acordo com as Diretrizes para a Formação dos Presbíteros da Igreja no Brasil (CNBB, 15 de agosto de 2010) e com o Decreto de reforma dos estudos eclesiásticos da Filosofia (Congregação para a Educação Católica, 28 de janeiro de 2011). Desde o ano 2000, o Instituto publica, anualmente, a Revista Filosófico-Teológica Sapientia Crucis.