Academia Literária Imaculado Coração de Maria tem, de certo modo, uma hierarquia que organiza e administra tal grêmio. Tal hierarquia chamada Mesa Organizadora é composta pelos Supremos Moderadores, o Assistente Eclesiástico e a Mesa Organizadora em si, O presidente, Vice-Presidente, Tesoureiro e Secretário. Portanto, tem por Supremo Moderador o Sr. Bispo Diocesano, Dom João Wilk, e por Moderador o Sr. Bispo Auxiliar Dom Dilmo Franco. Por Assistente Eclesiástico da Academia o Reitor devidamente nomeado pelo Supremo Moderador, atualmente o Revmo. Pe. Ms. Anevair José da Silva, devendo ele prestar contas do andamento dos trabalhos aos Supremos Moderadores.

A Academia é dirigida por esta equipe organizadora composta de quatro alunos do Seminário Maior, sendo ao menos um aluno da Teologia e um da Filosofia. Esta equipe organizadora terá um mandato de um ano, sendo obrigada a convocar novas eleições ao fim do ano letivo; Estes são eleitos pelos próprios acadêmicos, por votação, sendo o Presidente, aluno da Teologia; Vice-presidente, sendo este aluno da Filosofia ou da Teologia. O secretário e o tesoureiro serão nomeados pelo presidente eleito, em acordo com o seu vice-presidente;

Compete a equipe organizadora elaborar e executar o programa anual de atividades; apresentar aos acadêmicos relatórios mensais sobre as atividades e demais movimentações da Academia; realizar reuniões periódicas para discussões de projetos e atividades referentes à Academia; incentivar a atuação dos acadêmicos para a mútua colaboração em atividades de interesse comum.