Ao final do discipulado, a formação se concentra sobre o configurar do seminarista a Cristo, Pastor e Servo, para que, unido a Ele, possa fazer da própria vida um dom de si aos outros. Essa configuração torna a relação com Cristo mais íntima e pessoal, e, ao mesmo tempo, favorece o conhecimento e aos poucos vai assumindo a identidade sacerdotal.

 A etapa dos estudos teológicos, ou da configuração, é orientada, de modo particular, para a formação espiritual própria do presbítero, em que a configuração progressiva a Cristo torna-se uma experiência que suscita na vida do discípulo os próprios sentimentos e comportamentos do Filho de Deus; ao mesmo tempo, ela introduz na aprendizagem da vida presbiteral, animada pelo desejo e amparada pela capacidade de oferecer-se a si mesmo no cuidado pastoral do Povo de Deus. Esta etapa possibilita o gradual enraizamento da fisionomia do Bom Pastor, que conhece as suas ovelhas, dá a vida por elas e vai à procura das ovelhas que estão fora do redil (cf. Jo 10, 14-17). Para favorecer tal formação, todos desta etapa, fazem um estágio pastoral nas paróquias da diocese durante os finais de semana e no mês de dezembro.